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[導讀]以兩臺計算機為例,將這兩臺計算機應用于MPI運行環(huán)境。第一步:在兩臺機器上安裝Linux 操作系統(tǒng)我安裝的是ubuntu 12.04,主機名隨便你自己取,我命名兩臺機器為sinco和cosin。第二步

以兩臺計算機為例,將這兩臺計算機應用于MPI運行環(huán)境。

第一步:在兩臺機器上安裝Linux 操作系統(tǒng)

我安裝的是ubuntu 12.04,主機名隨便你自己取,我命名兩臺機器為sinco和cosin。


第二步:為兩臺機器設(shè)置固定的IP

當然,我這里假設(shè)兩臺機器屬于同一個局域網(wǎng)中。

我設(shè)置sinco的IP為192.168.0.2

??????????? cosin的IP為192.168.0.3


第三步:設(shè)置通過主機名登錄(需要ROOT)

編輯sinco上的/etc/hosts 文件,文件的前幾行修改成如下形式


127.0.0.1?????localhost
192.168.0.2???sinco
192.168.0.3???cosin


編輯cosin上的/etc/hosts 文件,文件的前幾行也他哦功能樣修改成如上形式



第四步:設(shè)置無密碼登錄

我默認兩臺機器上已經(jīng)安裝了ssh服務器,如果不能ssh登錄,安裝一下ssh就行了。別忘了安裝就行。

在sinco上,你的用戶目錄下進入 .ssh 目錄,如果沒有這個目錄,就先創(chuàng)建他,進入之后,執(zhí)行下面的命令:


執(zhí)行:


ssh-keygen?-t?dsa


在.ssh目錄下會產(chǎn)生兩個文件,id_dsa? id_dsa.pub。


執(zhí)行:


?cat?id_dsa.pub?>>?authorized_keys



把id_dsa.pub和authorized_keys一起拷貝到cosin機器上的.ssh目錄下,如果你也想從cosin機器上無需密碼登錄回sinco機器上,只要將id_dsa一起拷貝到cosin的.ssh目錄下就行了。



實驗一下前四步是否成功,在sinco上執(zhí)行ssh cosin,如果沒有密碼就登錄上去了,說明成功了。如果不行,你就需要在看看是不是做錯哪個步驟了。


第五步:編譯和安裝MPICH

我用的版本是MPICH-3.0.4 , 下載后,解壓,安裝配置如下:


./configure?--enable-fc?--enable-cxx?--enable-romio?--enable-threads=multiple?--prefix=${HOME}/soft/mpich2/3.0.4?--with-pm=mpd
make
make?install


兩臺機器都要這樣安裝MPICH



第六步:設(shè)置環(huán)境變量

由于我安裝到了非標準目錄下,所以要設(shè)置下環(huán)境變量。

我用的是bash shell,編輯~/.bashrc

在文件的末尾,添加如下幾行


export?PATH=${HOME}/soft/mpich2/3.0.4/bin:${PATH}
export?LD_LIBRARY_PATH=${HOME}/soft/mpich2/3.0.4/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
export?MANPATH=${HOME}/soft/mpich2/3.0.4/share/man:${MANPATH}


兩臺機器的.bashrc都要這樣設(shè)置



第七步:設(shè)置進程管理器

我用的是mpd,這一點在mpich編譯的時候就指定了。

在兩臺機器上,編輯${HOME}/mpd.hosts

添加如下兩行:


sinco:4
cosin:4


4指的是CPU的個數(shù),我假設(shè)兩臺機器都有四個CPU。



在兩臺機器上編輯${HOME}/.mpd.conf文件,添加一行:


MPD_SECRETWORD=mypasswd



第八步:啟動與測試進程管理器

我在sinco啟動進程管理器,


mpdboot?-n?2


-n 2 指定啟動兩個節(jié)點。


測試一下:


mpdtrace


如果輸出兩個主機名,說明測試成功。



測試下mpiexec


mpiexec?-n?2?ls?-l


看下輸出結(jié)果是否正確。



第九步:執(zhí)行自己的MPI程序

我現(xiàn)在用的機器是兩臺獨立的機器,他們沒有共享硬盤空間,所以,我只能從一個機器拷貝到另一個機器執(zhí)行程序,例如我在$HOME目錄下有個mpi01.exe,想讓他在兩個機器上運行下??梢赃@樣做。

將這個程序拷貝到另一個機器上的$HOME目錄下。

然后執(zhí)行:


mpiexec?-wdir?$HOME?-n?2?./mpi01.exe




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